Para evitar el listado de directorios tenemos que hacer lo siguiente:
En sistemas Debian/Ubuntu editamos el archivo /etc/apache2/apache2.conf
En sistema RedHat/Centos editamos el archivo /etc/apache2/conf/httpd.conf
Tener en cuenta que en ciertos casos (por ejemplo cuando utilizamos CPanel) estos archivos se generan automáticamente e incluyen archivos donde tenemos que agregar nuestros cambios para no perderlos.
Tenemos que buscar la linea que dice Indexes por ejemplo:
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride None
Require all granted
</Directory>
y eliminar la palabra
<Directory /var/www/>
Options FollowSymLinks
AllowOverride None
Require all granted
</Directory>
Reiniciamos Apache
#Debian / Ubuntu
$ sudo service apache2 restart
#RedHat / Centos
$ sudo service httpd restart
También podemos hacer esto utilizando .htacces
agregando Options +Indexes para habilitarlo o Options -Indexes para deshabilitarlo.