Para evitar el listado de directorios tenemos que hacer lo siguiente:
En sistemas Debian/Ubuntu editamos el archivo /etc/apache2/apache2.conf
En sistema RedHat/Centos editamos el archivo /etc/apache2/conf/httpd.conf
Tener en cuenta que en ciertos casos (por ejemplo cuando utilizamos CPanel) estos archivos se generan automáticamente e incluyen archivos donde tenemos que agregar nuestros cambios para no perderlos.